Dans la 3e saison, Anne se lie d’amitié avec Ka’kwet, une jeune Autochtone vivant à proximité d’Avonlea. Malheureusement, le chemin de cette dernière croise celui de Rachel Lynde qui lui mentionne les écoles réservées aux enfants des Premières Nations. Ayant envie d’apprendre, Ka'kwet convainc ses parents de la laisser se rendre à cette école, située à Halifax, en Nouvelle-Écosse. Elle déchantera vite rendue là-bas, car elle doit y prendre un nom européen - Hannah - et oublier tout ce qu’elle sait de sa langue et de sa culture. Par ailleurs, elle n’a aucune liberté à cet endroit et Anne n’a pas l’autorisation de la visiter. La jeune fille parviendra à s’enfuir et à retourner chez elle. Mais, on viendra la récupérer. Lorsque ses parents se présentent pour la ramener à la maison, on leur refuse l’accès leur disant que c’est la loi.

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Les pensionnats autochtones étaient des écoles dirigées par les églises, mais financées par le gouvernement. Elles avaient pour but d’assimiler les Autochtones à la culture européenne/canadienne. Les jeunes qui étaient forcés de fréquenter de tels établissements avaient l'interdiction de parler leur langue. Ils étaient dans l'obligation de parler l’anglais ou le français, selon les établissements, et de pratiquer une religion européenne.

À la base, les missionnaires catholiques avaient uniquement pour but de soigner et de scolariser les jeunes Autochtones, mais aucune loi n’obligeait ceux-ci à fréquenter les établissements. Par ailleurs, les Européens étant dépendants des membres de Premières Nations, il devenait donc difficile de les contraindre.

Par conséquent, c'est uniquement après certains changements de politiques gouvernementales, en 1830, que le premier pensionnat officiel fut établi dans le Haut Canada (actuel Ontario). Par la suite, le mouvement prend de plus en plus d'ampleur, plus particulièrement dans les années 1880. La dernière des 130 écoles destinées à assimiler les Autochtones a fermé ses portes en 1996.

Durant toutes ces années, environ 150  000 enfants issus des Premières Nations auraient fréquenté ce type de pensionnat. 6 000 jeunes seraient décédés à l’intérieur de ces écoles.

En 2015, la  Commission de vérité et réconciliation a reconnu cette pratique comme étant un génocide culturel. 

À noter qu'il n'y a pas eu d'établissement de ce genre à l'Île-du-Prince-Édouard. En effet le gouvernement fédéral jugeait que les Autochtones de la région étaient suffisamment assimilés à la culture eurocanadienne.

Il y en avait toutefois bel et bien un à Halifax, mais l'établissement a ouvert ses portes en 1929. Il s'agissait du seul établissement dans les provinces maritimes. Par ailleurs, en octobre 2018, archevêque d'Halifax a demandé pardon à la population Micmac pour la façon dont les jeunes pensionnaires ont été traités à l'école résidentielle de Shubenacadie. 

Sources : L’Encyclopédie canadienne, Radio-Canada